Wichtige Stationen: Volkstheater Wien / Volksoper Wien / Klangbogen Wien / Mozart in Schönbrunn / Kammeroper Wien / Opernhaus Graz / Staatstheater Saarbrücken / Staatstheater Schwerin / Berliner Kammerspiele / Staatstheater am Gärtnerplatz München / New National Opera Tokio / Opera National du Rhin Strasbourg / Hamburgische Staatsoper / Theater in der Josefstadt / u.a.
Von 1999 bis 2003 war Josef Ernst Köpplinger Intendant des Musicalfestivals Schloss Prugg in Niederösterreich sowie von 2004 bis 2007 Schau- spielintendant am Theater St. Gallen in der Schweiz. Er ist Gründer der St. Galler Autorentage.
Mit der Spielzeit 2007 / 08 übernahm Josef Ernst Köpplinger die Intendanz am Stadttheater Klagenfurt.
Am Stadttheater Klagenfurt rief er den Autorentag ins Leben. Der Autorentag ist ein literarischer Wett- bewerb zeitgenössischer Dramatik an dessen Ende ein Dramatikerpreis steht. Mit dem Autorentag soll am Stadttheater Klagenfurt im Zweijahresrhythmus ein Forum zum Diskurs moderner Dramatik geboten werden.
Josef Ernst Köpplinger ist auch Initiator des ersten österreichischen Wettbewerbes für musikalisches Unterhaltungstheater
, der in der Spielzeit 2008 / 2009 zum ersten Mal durchgeführt wurde.Mit der Saison 2012 / 2013 übernimmt Josef Ernst Köpplinger die Staatsintendanz des Staatstheater am Gärtnerplatz in München.